La codificación de las instrucciones se la da a la hora de definir la Arquitectura de Computadoras. La Computadora siempre trabaja en binario, así que cada instrucción se asocia a un valor en ceros y unos.
STOP -> 0000
SUM -> 0001
SUS -> 0010
DIV -> 0011
...
La cantidad de instrucciones en la arquitectura determina la longitud de la zona del código de operación que el registro instrucción tiene.