Este tipo de Clustering genera clusters anidados. Existen dos clases de métodos:
- Clustering aglomerativo: es bottom-up. Va desde las hojas hasta la raíz.
- Clustering divisivo: es top-down. Divide clusters en subconjuntos.
Algoritmo Aglomerativo
Este algoritmo genera/construye clusters anidados o dendogramas.

Hay diversos métodos para determinar la distancia entre dos clusters:
- Single-Link: la distancia más cercana entre dos puntos de dos clusters.
- Complete-Link: callcular todas las distancias máximas y elegir la mínima.
- Average-Link****: promedia las otras dos distancias.
Single-Link puede sufrir el chain effect, mientras que Complete-Link es susceptible a outliers.
Este algoritmo es computacionalmente complejo y escala mal a enormes volúmenes de datos, pero tiende a dar mejores resultados que el algoritmo K-means.